股权转让协议是当事人以转让股权为目的而达成的关于出让方交付股权并收取价金，受让方支付价金得到股权的意思表示。股权转让是一种物权变动行为，股权转让后，股东基于股东地位而对公司所发生的权利义务关系全部同时移转于受让人，受让人因此成为公司的股东，取得股东权。在股权转让中，由于股东分为法人股东和自然人股东，转让价格分为平价转让、折价转让和溢价转让，所以股权转让中的涉税风险主要是体现为：股权转让中的企业所得税、个人所得税和印花税的足额缴纳问题。在税法上，股权转让只涉及到企业所得税、个人所得税和印花税。本文就实践中的股权转让协议中的法律风险和税收风险进行详细介绍并提出管控策略。
股权转让主体包括转让方和受让方，股权转让协议的法律风险主要表现为：股东资格的丧失、超越转让时间的限制、受让方资格的不具备等，具体论述如下：
（一）出让方(股东)资格瑕疵的法律风险及管控
出让方(股东)资格瑕疵的法律风险主要来自于法律或公司章程的限制，主要表现为：
如果不具备股东资格，发生的股权转让协议在法律上是无效的。另外，因各种原因丧失股东资格的人，也不具有股权转让资格，因此，受让方考察出让方股东资格的相关证明尤其重要。
为了防止股东资格丧失的法律风险，受让方必须考察出让方股东资格的相关证明。在实践中，必须审查公司章程、出资证明、股份证书、股票、股东名册以及注册登记、公司股权的转让协议、公司设立后的授权资本或者新增资本的认购协议、隐名投资者与显名投资者有关股权信托或代为持有的协议等，这些均可作为证明股东资格的证据，在不同的法律关系和事实情形下，各种形式的证据可以发挥不同程度的证明力。
2、转让主体资格限制中的法律风险及管控
关于转让主体资格的限制，主要来自于公司章程和法律的限制，主要包括：
（1）有限责任公司公司章程限制中的法律风险
根据法律规定，法律赋予有限公司高度的意思自治权，有限公司可以通过公司章程限制股权内外部转让，只要该章程不违背相关法律的禁止性规定，法律承认其效力。因此，对于受让方而言，通过公司章程考察对方的出让资格尤为重要。
（2）股份有限公司法律限制中的法律风险
法律对股份有限公司股份转让的限制主要体现为对特殊主体资格的限制。主要表现为：
第一，发起人转让限制的法律风险
根据法律规定，股份有限公司发起人持有的股份自公司成立起一年内不得转让，在公司公开发行股份前已发行的股份，自公司股票在证券交易所上市交易起一年内不得转让。这意味着，对发起人来说，无论股票是否上市，在一年内不得转让，即使股票上市，上市前的股份也不得在上市后一年内转让。相应的，受让人也不得购买此类股票。
第二，董事、监事、高级管理人员转让限制的法律风险
根据法律规定，上述人员在任职期间每年转让的股份不得超过其所持有的本公司股份的25%，所持股份在自股票上市交易之日起一年内不得转让。在离职后半年内，也不得转让其所持有的本公司股份。 可见，法律对上述人员转让股份的行为在比例、时间上进行了严格的限制，因此，涉及上述人员的股权交易应注意股份比例和时间的限制。
第三，持有5%股份的股东转让限制的法律风险
根据《证券法》的规定，在股票上市后，禁止持有5%股份的股东在买入后六个月内又卖出或者在卖出后六个月内又买入。否则，由此所得收益归公司所有。这是法律的强制性规定，不仅转让无效，所得收益将归公司所有。
第四，上市收购股份转让限制的法律风险
法律规定，采取要约式收购的，收购人在收购期限内，不得卖出被收购公司的股票，也不得采取要约规定以外的形式和超出要约的条件买入被收购公司的股票。 同时，收购人持有的股票，在收购行为完成后十二个月内不得转让。
第五，证券机构人员和其他有关人员转让限制的法律风险
根据证券法的规定，证券交易所、证券公司和证券登记结算机构的从业人员、证券监督管理机构的工作人员以及法律禁止参与证券交易的其他人员，在任职和法定期限内，不得直接或以化名、借他人名义持有、买卖股票，也不得收受他人赠送的股票。在成为前述人员前，其所持有的股票必须依法转让。因此，这类特殊人员的股票也是禁止出让或买入的。否则，也会导致转让的无效。
第六，证券中介服务机构及其人员转让限制的法律风险
主要指为股票发行出具审计报告、资产评估报告或者法律意见书等文件的证券服务机构和人员，在该股票承销期内和期满后六个月内，不得买卖该种股票。为上市公司进行上述服务的中介机构和人员，自接受委托之日起至上述文件公开后5日内，不得买卖该种股票。因此，这类特殊人员的股票也是禁止出让或买入的，否则，也会导致转让的无效。
基于以上转让主体资格的法律限制分析，在股权转让中，受让人必须熟悉和精通《中华人民共和国公司法》和《中华就人民共和就国证券法》对转让主体资格相关限制规定，选择合法的转让主体。
3、隐名股东转让中的法律风险
“显名股东”与“ 隐名股东”通过协议产生合同关系。隐名股东不是名义上的股东，但其属于公司法意义上的“实际控制人”，不具有股东资格，但“显名股东”受其支配和控制，从而对公司的生产经营产生影响。
因此，“隐名股东”不得以自己名义转让“显名股东”的股权，否则其转让股权行为无效。同时，如果“显名股东”违背了与“隐名股东”的协议擅自转让股权，因公司章程中股东登记的公示作用，仍产生股权转让的法律效果，不得对抗善意第三人。
关于受让方资格瑕疵的问题，主要考虑是否违背了法律的限制规定，受让主体存在法律障碍，同样会导致转让无效。以下几种主体，在受让股权时受到法律限制。
1、 中国公民个人不能作为中外合资(合作)有限公司的股东。
2、属于国家禁止或限制设立外资企业的行业的公司股权，禁止或限制向外商转让。
3、法律、法规、政策规定不得从事营利性活动的主体，不得受让公司股权成为公司股东，例如各级国家机关的领导。
因此，受让人在进行股权收购时，要了解我国法律上对受让方资格的限制规定，否则导致收购无效而承担不必要的成本。
根据《国家税务总局关于纳税人收回转让的股权征收个人所得税问题的批复》（国税函[2005]130号）的规定，个人转让股权的所得税按以下两种情况处理：
一是股权转让合同履行完毕、股权已作变更登记，且所得已经实现的，转让人取得的股权转让收入应当依法缴纳个人所得税。转让行为结束后，当事人双方签订并执行解除原股权转让合同、退回股权的协议，是另一次股权转让行为，对前次转让行为征收的个人所得税款不予退回。基于此规定，如果股权转让协议已经履行，履行的标志是受让人已经向转让方支付了股权转让款，并在当地工商部门办理了工商变更登记手续。则当事人双方签订并执行解除原股权转让合同、退回股权的协议，对前次转让行为征收的个人所得税款不予退回。
二是股权转让合同未履行完毕，因执行仲裁委员会作出的解除股权转让合同及补充协议的裁决、停止执行原股权转让合同，并原价收回已转让股权的，由于其股权转让行为尚未完成、收入未完全实现，随着股权转让关系的解除，股权收益不复存在，根据个人所得税法和征管法的有关规定，以及从行政行为合理性原则出发，纳税人不应缴纳个人所得税。基于以上规定，个人在进行股权转让时，必须要考虑清楚股权转让协议的履行完毕与否的税收负担问题，如果不想实质上进行股权转让，则在签订股权转让协议之后，不需要进行工商登记，不要支付股权转让款，则股权转让协议是法律上的未履行完毕，可以退回协议，可以节省股权转让中的个人所得税。
个人转让股权的个人所得税缴纳的税务风险主要体现两方面：
一方面是个人转让股权的法律手续不符合税收法律规定。在实践中总是存在一种现象：转让方和受让方私自签订平价或折价的股权转让协议，不通过当地的税务当局，而直接通过社会关系在当地的工商部门办理工商变更登记手续。这是不符合税法规定的，将受到税务当局的稽查和处罚风险。因为《国家税务总局关于加强股权转让所得征收个人所得税管理的通知》（国税函[2009]285号），第一条规定：“股权交易各方在签订股权转让协议并完成股权转让交易以后至企业变更股权登记之前，负有纳税义务或代扣代缴义务的转让方或受让方，应到主管税务机关办理纳税（扣缴）申报，并持税务机关开具的股权转让所得缴纳个人所得税完税凭证或免税、不征税证明，到工商行政管理部门办理股权变更登记手续。”因此，在发生股权转让时，转让方或受让方必须依据国税函[2009]285号第一条规定进行税务处理。
另一方面是股权转让协议中的转让价格往往不符合独立交易原则，即不符合税收法律规定的折价或平价条件，而少申报缴纳个人所得税。《国家税务总局关于加强股权转让所得征收个人所得税管理的通知》（国税函[2009]285号）第三条规定：“税务机关应加强对股权转让所得计税依据的评估和审核。对扣缴义务人或纳税人申报的股权转让所得相关资料应认真审核，判断股权转让行为是否符合独立交易原则，是否符合合理性经济行为及实际情况。对申报的计税依据明显偏低（如平价和低价转让等）且无正当理由的，主管税务机关可参照每股净资产或个人股东享有的股权比例所对应的净资产份额核定。”
《国家税务总局关于股权转让所得个人所得税计税依据核定问题的公告》（国家税务总局公告2010第27号）对自然人转让股权计算个人所得税时，提出了以下7个税收风险控制点，需要大家引起高度的重视。
（1）税收风险控制点一：自然人转让股权计税依据明显偏低，应按照以下核定计税依据进行处理。
申报的股权转让价格低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款及相关税费的，或申报的股权转让价格低于对应的净资产份额的，属于计税依据明显偏低，如果没有正当理由一般应按对应净资产份额核定计税依据。
低于成本价转让意味着本次股权转让交易不会产生财产转让所得的个人所得税，而低于所有者权益份额转让股权，则意味着少缴纳个人所得税。
2010年10月，王女士以现金100万元创办一家企业，2013年2月，王女士与李先生签订股权转让协议，协议约定：“王女士以90万元的价格低于成本价将100%股权转让给李先生。”截止转让前，被转让企业的所有者权益为150万元，其中注册资本为100万元，未分配利润和盈余公积为50万元。请进行涉税分析？
税务机关认为该项股权转让计税依据明显偏低且无正当理由，对股权转让的计税依据进行核定，核定依据按照所有者权益150万元计算。因此，该项股权转让的财产转让所得为：150万-100万=50万。应缴纳个人所得税50万×20%=10万元。假设本案例的转让价格为120万元，如果按照申报的转让价格120万元计算，应缴纳（120-100）×20%=4（万元）个人所得税，而税务机关认为低于对应净资产份额，核定计税依据150万元，即也应缴纳个人所得税10万元。本案例说明了两种情况，一种是申报价格低于了初始投资成本，第二种是虽然高于初始投资成本，但是低于对应的净资产份额。
2007年9月成立的和平实业有限公司，注册资本为100万元，经营范围：生产、销售：服装、纺织品、布匹、污水处理、漂染、服装印花、服装辅料、皮具；销售：洗水用品、服装染料。其股东结构和出资情况如下：
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股东姓名
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认缴出资额
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出资方式
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认缴期限
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实缴出资额
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股权比例
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甲
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40万
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现金
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30天
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40万
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40%
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乙
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30万
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现金
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30天
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30万
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30%
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丙
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30万
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现金
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30 天
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30万
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30%
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2012年9月28日，祥和房地产有限公司的三位股东A、B和C平价收购和平实业有限公司自然人股权乙和丙的股权，即A受让乙转让和平实业公司的20%股权；B受让丙转让锦兴公司的20%股权；C受让乙、丙各自转让和平实业有限公司的10%股权。股权转让后的股东结构和各股东出资情况如下：
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股东姓名
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股权比例
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出资额
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出资方式
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甲
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40%
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40万元
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现金
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A
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20%
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20万元
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现金
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B
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20%
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20万元
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现金
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C
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20%
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20万元
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现金
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以上自然人签订的股权转让协议，没有在当地税务部门进行备案，接受当地税务部门是否需要进行纳税、不缴税或免税的审查手续，直接在当地工商局办理了工商变更登记手续。而且股权转让协议规定：“乙股权转让前在公司形成的债权债务由乙享有和承担；股权转让后由C和B享有和承担。丙股权转让前在公司形成的债权债务由丙享有和承担；股权转让后由C和B享有和承担。”根据2012年9月30日的资产负责表显示:在2012年9月28日股权转让前, 和平实业有限公司的债权总共为6629303.45元，分别为:其他应收款 5466977.4元, 预付账款:1162326.05 元。和平实业有限公司的债务总共为17362457.23元，分别为:应付账款960.71元，预收账款：2450073.1，应付工资157036.84元，应付税金8510.18元，其他应付款4745876.4，长期借款10000000元。根据股权转让协议中的债权和债务承担规定，2012年9月28日前，乙和丙享有的债权共为：6629303.45×60%=3977582元，乙和丙承担的债务共为：17362457.23×60%=10417474元。
另外，和平实业有限公司的224.16亩的工业用地(该用地的计税基础即土地购买款为613万元)，请分析祥和房地产有限公司的三位股东A、B和C平价收购和平实业有限公司自然人乙和丙的股权的过程中存在较大的税收风险。
祥和房地产有限公司的三位股东A、B和C平价收购和平实业有限公司自然人乙和丙的股权的过程中存在较大的税收风险，现分析如下：
《国家税务总局关于加强股权转让所得征收个人所得税管理的通知》（国税函[2009]285号）第一条规定：“股权交易各方在签订股权转让协议并完成股权转让交易以后至企业变更股权登记之前，负有纳税义务或代扣代缴义务的转让方或受让方，应到主管税务机关办理纳税（扣缴）申报，并持税务机关开具的股权转让所得缴纳个人所得税完税凭证或免税、不征税证明，到工商行政管理部门办理股权变更登记手续。”第二条规定：“股权交易各方已签订股权转让协议，但未完成股权转让交易的，企业在向工商行政管理部门申请股权变更登记时，应填写《个人股东变动情况报告表》（表格式样和联次由各省地税机关自行设计）并向主管税务机关申报。”第三条规定：“个人股东股权转让所得个人所得税以发生股权变更企业所在地地税机关为主管税务机关。纳税人或扣缴义务人应到主管税务机关办理纳税申报和税款入库手续。主管税务机关应按照《个人所得税法》和《税收征收管理法》的规定，获取个人股权转让信息，对股权转让涉税事项进行管理、评估和检查，并对其中涉及的税收违法行为依法进行处罚。”第四条规定：“对申报的计税依据明显偏低（如平价和低价转让等）且无正当理由的，主管税务机关可参照每股净资产或个人股东享有的股权比例所对应的净资产份额核定。”
《国家税务总局 国家工商行政管理总局关于加强税务工商合作实现股权转让信息共享的通知》（国税发[2011]126号）第三条规定：“从2012年1月1日起，各级国家税务局、地方税务局和工商行政管理局应将每月发生的应交换信息，在当月终了15日内完成交换。2011年1月1日至2011年12月31日期间发生的应交换信息，在2012年6月30日之前完成交换。2010年1月1日至2010年12月31日期间发生的应交换信息，在2012年9月30日之前完成交换。”
《国家税务总局关于股权转让所得个人所得税计税依据核定问题的公告》（国家税务总局公告2010第27号）第一条规定：“自然人转让所投资企业股权（份）（以下简称股权转让）取得所得，按照公平交易价格计算并确定计税依据，计税依据明显偏低且无正当理由的，主管税务机关可采用本公告列举的方法核定。” 第二条规定：“计税依据明显偏低且无正当理由的判定方法：
（一）符合下列情形之一且无正当理由的，可视为计税依据明显偏低：1. 申报的股权转让价格低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款及相关税费的；2. 申报的股权转让价格低于对应的净资产份额的；3. 申报的股权转让价格低于相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让价格的；4.申报的股权转让价格低于相同或类似条件下同类行业的企业股权转让价格的；5. 经主管税务机关认定的其他情形。
（二）本条第一项所称正当理由，是指以下情形：
1. 所投资企业连续三年以上（含三年）亏损；
2. 因国家政策调整的原因而低价转让股权；
3. 将股权转让给配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人；4.经主管税务机关认定的其他合理情形。”
第三条规定：“对申报的计税依据明显偏低且无正当理由的，可采取以下核定方法：
（一）参照每股净资产或纳税人享有的股权比例所对应的净资产份额核定股权转让收入。
对知识产权、土地使用权、房屋、探矿权、采矿权、股权等合计占资产总额比例达50%以上的企业，净资产额须经中介机构评估核实。”
《国家税务总局关于股权转让收入征收个人所得税问题的批复》（国税函[2007]244号）第二条第（一）项规定：“对于原股东取得转让收入后，根据持股比例先清收债权、归还债务后，再对每个股东进行分配的，应纳税所得额的计算公式为：应纳税所得额＝（原股东股权转让总收入－原股东承担的债务总额＋原股东所收回的债权总额－注册资本额－股权转让过程中的有关税费）×原股东持股比例。 其中，原股东承担的债务不包括应付未付股东的利润。”第二条第（二）项规定：“对于原股东取得转让收入后，根据持股比例对股权转让收入、债权债务进行分配的，应纳税所得额的计算公式为：应纳税所得额＝原股东分配取得股权转让收入＋原股东清收公司债权收入－原股东承担公司债务支出－原股东向公司投资成本。”
通过实地调研分析发现，和平实业有限公司的224.16亩的工业用地占到了和平实业有限公司资产总额比例达50%以上。根据《国家税务总局关于股权转让所得个人所得税计税依据核定问题的公告》（国家税务总局公告2010第27号）第三条第（一）项的规定，和平实业有限公司的自然人股东在转让股权时，必须经过中介机构评估核实。而本案例中，和平实业有限公司的自然人股东乙和丙在转让股权的过程中，没有对公司占资产总额的50%以上的土地使用权进行评估，而以平价转让给祥和房地产有限公司的三位股东A、B和C，是不符合税法的规定，将受到税务部门的稽查而背上税收处罚的风险。
由于和平实业有限公司的土地是工业用地，在转让股权时，也按照工业用地的价格进行评估，通过调研发现，和平实业有限公司所在县的工业用地的评估市场价大概为11万元/亩，由于和平实业有限公司的土地使用面积为224.16亩,则到2012年9月28日, 和平实业有限公司的资产(含土地使用权613万)为16735408.89万元,负责为17362457.23元.净资产为-627048.34元. 而且股权转让协议规定：“乙股权转让前在公司形成的债权债务由乙享有和承担；股权转让后由C和B享有和承担。丙股权转让前在公司形成的债权债务由丙享有和承担；股权转让后由C和B享有和承担。”
按照国家税务总局公告2010第27号和《国家税务总局关于股权转让收入征收个人所得税问题的批复》（国税函[2007]244号）的规定, 和平实业有限公司应该代扣转出去的自然人股东乙和丙的个人所得税总共为:[ (224.16×11万-6130000-627048.34)×60%+3977582元-10417474元]×20%=（1790.7万×60%-6439892）×20%=86万元.可是和平实业有限公司在转让股权时,采用的时评价法,而且没有对公司占资产总额的50%以上的土地使用权进行评估，如果今后被税务机关稽查发现,将接受每天千分之五的滞纳金和应缴税款50%以上5倍以下的税收罚款。
（3）祥和房地产有限公司股东收购和平实业有限公司股权的涉税风险控制策略
基于以上税收风险分析，建议祥和房地产有限公司的自然人股东：A、B和C履行转出方自然人股东：乙和丙的股权转让的个人所得税：215万元。
（2）税收风险控制点二：净资产份额的计算中，知识产权、土地使用权、房屋、探矿权、采矿权、股权等合计占资产总额比例达50%以上的企业，净资产额须经中介机构评估核实。
案例3
王先生持有某房地产公司M公司的60%股份，2011年2月将股份转让给李先生，转让价款为6000万元。转让前M公司的所有者权益为8000万元，其中注册资本1亿元，未分配利润为-2000万元。M公司账面上有预收房款2亿元。王先生申报个人所得税的财产转让所得为6000万元-6000万元=0。理由是按照对应的M公司净资产份额为4800万元，而转让价格为6000万元，并不低于占有M公司账面净资产份额。
知识产权、土地使用权、房屋、探矿权、采矿权、股权往往蕴含着较高的隐含增值，例如本例中虽然M公司利润为负数，那是因为地产企业预收房款尚未结转会计收入的原因，一旦结转收入将会有大量的会计利润产生，从而抬高所有者权益份额。再如股权，在成本法做账情况下，尽管被投资企业已经实现了大量利润，在被投资企业分红时，此时投资企业不做任何会计处理，因此该项股权隐含着大量的增值。由于以上原因，27号公告确定列举的知识产权、土地使用权、房屋、探矿权、采矿权、股权等合计占资产总额比例达50%以时，应该对目标公司进行评估，按照净资产的公允价值份额核定计税依据。
本例中，假设经评估机构核实，M公司净资产公允价值为3亿元，因此张先生持有股权的转让价格应核定为3亿元×60%=1.8亿元，财产转让所得=1.8亿元-6000万元=1.2亿元，应缴纳个人所得税1.2亿元×20%=2400万元。
（3）税收风险控制点三：目标公司连续三年亏损属于计税依据明显偏低的正当理由，不需要进行纳税调整。
尽管目标公司所有者权益仍然维持较高账面价值，但是连续三年亏损的现实说明目标公司资产的盈利能力不高，很可能存在潜亏，因此转让价格低于净资产公允价值是可以得到认可的。
M公司是一家制造智能山寨手机的企业，由于品牌手机价格不断下降，2008年、2009年、2010年该公司连续三年亏损，每年亏损500万元。2011年2月M公司的股东张先生决定将其持有的100%股权转让，转让价格8000万元。M公司转让前所有者权益为1亿元，其中注册资本5000万元，未分配利润和盈余公积合计5000万元。
虽然张先生转让股权的计税价格8000万元，低于其对应的净资产份额1亿元，但是由于M公司连续三年亏损，说明M公司的盈利能力不高，其公司账面资产已经不能反映其真实价值，所以张先生按照8000万元转让股权，被认为具有正当理由。这里的问题是，假如M公司2008年微利、2009年、2010年均为亏损，张先生转让价格仍然为8000万元，则不属于27号公告列举的正当理由，虽然张先生可以申请“经税务机关认定的其他合理理由”条款，但是自由裁量权掌握在税务机关手中。
（4）税收风险控制点四：股权转让给配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人，属于计税依据明显偏低的正当理由，不需要进行纳税调整。
27号公告明确界定将股权转让给配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人，属于计税依据明显偏低的正当理由。也就是如果将股权低价转让给以上列举以外的人，而且计税依据明显低于其对应的净资产份额的，就应该按照净资产份额确定计税依据；或者说将股权无偿赠送给配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对捐赠人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人，不需要缴纳个人所得税；如果捐赠给以上列举以外的人，则应该按照净资产份额确定计税依据，按财产转让所得缴纳个人所得税。
张先生持有M公司50%股权，M公司所有者权益为1000万元，其中注册资本500万元，未分配利润和盈余公积为500万元。张先生将股权无偿赠送给了李先生，张先生和李先生不属于27号公告中所列举的亲属关系。
税务机关可能认为：张先生对应的净资产份额为500万元，因此其计税依据明显偏低并无正当理由，按照500-500×50%=250万元确认财产所得，从而缴纳个人所得税250万×20%=100万元的个人所得税。
（5）税收风险控制点五：对接受转让股权再转让计算个人所得税时，其股权转让的成本为前次转让的交易价格及买方负担的相关税费，这里的“交易价格”有两层含义：如果前次转让的交易价格是正当理由的，则“交易价格”是符合正当理由的价格；如果前次转让的交易价格是不正当理由的，则交易价格”是按照税务主管部门核定后的计税依据。
张先生将股权转让给王先生，并向税务机关申报交易价格1000万元，税务机关认为计税价格明显偏低，核定计税价格为1500万元。王先生将取得股权转让给李先生，转让价格为2000万元。此时，股权转让的成本为前次转让的交易价格。这里的交易价格究竟为1500万元，抑或是1000万元呢？应按照1500万元计算股权转让的成本。
《中华人民共和国企业所得税法实施条例》（中华人民共和国国务院令》第512号）第八十三条 企业所得税法第二十六条第（二）项所称符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，是指居民企业直接投资于其他居民企业取得的投资收益。企业所得税法第二十六条第（二）项和第（三）项所称股息、红利等权益性投资收益，不包括连续持有居民企业公开发行并上市流通的股票不足12个月取得的投资收益。国税函[2010]79号明确转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。基于以上税收法律的规定，法人转让股权协议中的税收风险主要体现在：被投资企业有多年累积的未分配利润和盈余公积时，法人转让股权的转让价格中含有被投资企业多年累积的未分配利润和盈余公积与转让方股东所占股权比例的乘积部分，而使股权转让价格是溢价转让从而使转让方股东多缴纳企业所得税。
如果股东是企业或法人，在发生转让股权时，为了实现少缴纳企业所得税，则可以先将留存收益进行分配，降低净资产，再转让股权，从而降低转让所得，减少企业所得税。
2013年3月16日，甲公司拟将其持有的乙公司60%的股权转让给丙公司，希望取得收入600万元，该项股权的计税成本为350万元。股权转让时，乙公司的所有者权益为1000万元，其中税后留存收益700万元。从节税的角度，甲公司应如何税收筹划？
甲公司直接向丙公司转让其持有的乙公司60%的股权，转让价为600万元，本方案下甲公司的纳税额为：(600－350)×25%=62.5万元。
甲公司先从乙公司分配股息300万元，而后以300万元的价格将所持股权转让给丙方。
本方案下甲公司股权转让所得为300-350=-50万元，纳税额为0。较之未筹划之前相比，甲方的收入同为600万元，但节省企业所得税62.5万元。
A公司拥有B公司100%的股权，初始投资成本为100万，B公司截止2010年6月底账面净资产200万元，其中注册资本100万元、盈余公积30万元、未分配利润70万元，现A公司按220万元出售予境内C企业，应如何进行纳税筹划使转让所得的税负最低？
由于留存收益包括未分配利润和盈余公积两个部分，上述盈余公积30万元、未分配利润70万元不得扣减。则A企业应确认股权转让所得120万元（220－100），而不是20万元（220－100－30－70）。企业转让股权所得的企业所得税为120万元×25%=30万元。
上述股权转让似乎产生重复征税问题，盈余公积30万元、未分配利润70属于税后提取，已经缴纳过企业所得税，A公司转让股权时，确认股权转让所得，计入应纳税所得，对该部分重复征收企业所得税。
为避免重复征税，可以先将留存收益进行分配，降低净资产，再转让，从而降低转让所得。如A企业先将未分配利润70万元以股利形式分回，享受符合条件的居民企业之间的股息、红利收入，为免税收入。企业再以150万的价格转让，则股权转让所得50万元（150-100），转让所得的企业所得税为50万元×25%=12.5万元，与纳税筹划前相比减少30- 12.5= 17.5万元。
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